2025年の年末調整はここが変わる:企業が今すぐ準備すべき実務ポイント

2025.10.21

はじめに
今年も年末調整等の年次業務の時期が近づいて参りました。
2025年(令和7年)の年末調整は、基礎控除・給与所得控除の大幅な改定や「特定親族特別控除」の新設など、実務負担が増す年となります。
従業員情報の確認・システム設定の見直し等、今年は特にお早目にご準備を進めて頂きたく、企業が押さえておくべき準備事項と注意点を整理します。

◇2025年度年末調整の主要改正点
1,基礎控除の引き上げと段階制導入
  一律48万円だった基礎控除が、所得区分に応じて最大95万円に拡大します。
  従業員の所得水準ごとに控除額が異なるため、計算上のミス防止が求められます。

2,給与所得控除の見直し
  最低保障額が55万円から65万円に増加します。
  所得控除ラインが上がり、いわゆる「103万円の壁」が「160万円の壁」に実質緩和されました。

3,特定親族特別控除の新設
  19~23歳未満の子(大学生世代)を対象に、年収188万円まで控除対象とする制度。
  扶養親族申告の要件確認を徹底する必要があります。

4,「基・配・所・特」統合申告書の導入
  各種申告書が1枚に統合(昨年までは「基・配・所」でした)され、記載項目が追加変更。
  誤記や記入漏れの防止には、事前に記入例をつけた案内資料を配布するのが望ましいです。

◇企業が準備すべき具体的対応(目安)
実施時期     主な準備内容
10月中旬~下旬 給与計算ソフト、給与システムの改正対応確認
10月下旬 新様式「基・配・所・特」申告書の配布、記入マニュアルの共有
11月~12月中旬 書類回収、誤記修正、従業員への面談・案内
12月下旬~翌年1月 年末調整計算、源泉徴収簿作成、法定調書・源泉票提出

◇注意すべき実務リスク
1,旧様式の使用禁止:新統合申告書を必ず使用しましょう。システムの更新未済などで旧書式利用は控除漏れのリスクとなります。
2,所得確認の精度向上:特定親族控除適用者や副業収入の有無を正確に確認しましょう。
3,システム設定不備:旧様式の仕様禁止と同様、給与ソフトの更新未対応は源泉税過少徴収の原因となります。
4,住宅ローン控除の電子化対応:年末残高証明書が「調書方式」に変更されるためご注意が必要です。

まとめ
2025年の年末調整は、控除額の変更など例年と大きく仕様が変更致します。
企業は、早期の社内周知・正確な扶養確認・給与システム等の更新・連携・仕様確認を徹底し、年末業務の混乱を防ぐことが求められますので、
各社担当者はお早目のご準備・ご確認を進めて頂き、ご不明点はいつでもご相談下さい。

【国税庁HP】
国税庁:年末調整がよくわかるページ(令和7年分)

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